Фамилия Вакареев — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а тюркская или арабо-персидская, но обрусевшая через типичный русский суффикс -ев. Если отбросить окончание, остаётся корень «Вакар» — это либо прозвище, либо адаптированное личное имя.

Самая правдоподобная версия отсылает к арабскому слову «вакар» (وقار), означающему «достоинство», «степенность», «солидность». В тюркских языках, которые активно заимствовали арабскую лексику, это слово превратилось в имя Вакар или прозвище Вакар — «почтенный», «важный». Так могли назвать человека солидного, неторопливого, уважаемого в общине. Фамилии на -ев от подобных имён (Вакарев, Вакаров) встречаются у татар, башкир и других народов Поволжья, но в русском контексте фамилия могла возникнуть у крещёных татар или в среде служилых людей, где тюркские прозвища были обычным делом.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным русским глаголом «вакать» (издавать звук, кричать, подобно вороне или ребёнку). В этом случае Вакарь — человек, который «вакает», то есть крикливый, плаксивый или подражающий звукам. Однако эта гипотеза слабее: глагол слишком локальный и редкий, а модель «основа глагола + -арь» (как в «звонарь», «писа́рь») обычно даёт фамилии на -ев с ударением на последнем слоге (Вакарёв), а не Вакареев. Двойное «е» в суффиксе (-еев) намекает на то, что основа оканчивалась на «ей» или «е»: Вакарей или Вакаре́й. Такая форма характерна для прозвищ, образованных от глаголов повелительного наклонения или от тюркских имён с окончанием -ей.

Учитывая редкость фамилии, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до мещан и однодворцев. Географию бытования без специального анализа сказать трудно, но корень «Вакар» указывает на юго-восточные регионы России или Поволжье, где тюркское влияние было сильным.