Фамилия Вакарова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Вакаров, встречается реже. Судя по суффиксу -ов, фамилия образована от прозвища или имени, которое заканчивалось на твёрдый согласный. В данном случае корень «вакар-» не имеет очевидной славянской этимологии, что указывает на возможное заимствование или редкое местное слово.

Самая прямая версия связывает фамилию с болгарским и македонским словом «вакар» — пастух (от латинского vaccarius, «коровник»). В этом случае Вакаров — сын пастуха, а исходное прозвище Вакар давали человеку, который пас скот. Эта версия подкрепляется географией: фамилия Вакаров и её варианты (Вакарев, Вакарчук) распространены в Болгарии, Сербии, на западе Украины и в Молдавии, где скотоводство было традиционным занятием. Русские носители фамилии, скорее всего, имеют южнославянские или румынские корни, либо фамилия попала в Россию через переселенцев.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к тюркскому «вакыр» — крикливый, горластый, или к диалектному глаголу «вакать» — издавать звуки, мычать. В этом случае прозвище Вакар мог получить человек с громким голосом или тот, кто подражал животным. Однако тюркская версия слабее, так как фамилия не типична для татарских или башкирских родовых имён.

Фамилия Вакарова не относится к дворянским — в исторических документах она не встречается среди столбовых родов. Её носители — крестьяне или казаки, преимущественно из южных губерний Российской империи, куда мигрировали балканские народы. В современной России фамилия редкая, чаще встречается в Краснодарском крае и Ростовской области.