Фамилия Варданьян — армянская по происхождению, и её основа — мужское имя Вардан. В переводе с древнеармянского оно означает «награда»: скорее всего, так называли долгожданного или горячо любимого сына. Имя это очень древнее и почётное: его носили Вардан Мамиконян, герой религиозно-национальной борьбы армян в V веке, и Вардан Айгекци, армянский баснописец и проповедник рубежа XII–XIII веков.

Фамилия образована по типичной восточноармянской модели с суффиксом -ян (родовой патроним, буквально «из дома Вардана»). Само слово «азганун» (арм. «фамилия») буквально означает «имя клана», и суффикс -ян как раз указывает на принадлежность к роду. Поэтому Варданьян — это «потомок Вардана».

Существует и менее правдоподобная версия, связывающая фамилию с адыго-абхазской средой. Согласно ей, в основе лежит прозвище Вардан от адыгейского «ордане» — «великий, сильный, могучий». По этой логике, родители могли так назвать сына, желая ему здоровья и силы. Есть и третья гипотеза: фамилия восходит к топониму Вардане — так в первой половине XIX века называли часть приморской Убыхии (от реки Хобза до водораздела между Дагомысом и Псахо). Если это так, основатель рода мог родиться или жить в тех местах.

Однако основная и наиболее убедительная версия — армянская. Имя Вардан широко распространено в армянской среде, а суффикс -ян — самый частый способ образования фамилий в Восточной Армении. Адыго-абхазская и топонимическая гипотезы — скорее попытки объяснить совпадение звучания, нежели отражение реальной истории рода.