Фамилия Варганоап — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но при этом ставит в тупик любого, кто пытается найти в ней привычные русские словообразовательные элементы. Суффикса -ов или -ин здесь нет, окончание -ап нехарактерно для исконно русских фамилий. Это почти наверняка указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, тюркское или финно-угорское, где подобные ауслауты (концовки) встречаются чаще.

Самая вероятная версия связывает фамилию Варганоап с тюркским словом «варган» — так называют древний язычковый музыкальный инструмент, известный у многих народов (в русском языке — варган, в тюркских — кобуз, темир-комуз). В таком случае основа фамилии — прозвище Варган: его мог получить либо музыкант-варганист, либо человек с громким, «дребезжащим» голосом, напоминающим звук инструмента. Компонент «-оап» в конце — это, скорее всего, искажённый или адаптированный тюркский аффикс принадлежности или уменьшительная форма, либо результат записи фамилии по-русски с чужого слуха. В тюркских языках, например, в чувашском или татарском, слово «варган» могло обрастать суффиксами, которые в русской передаче превратились в «-ап» или «-оп».

Альтернативное объяснение — фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта или географического объекта. В Поволжье и Приуралье встречаются топонимы с корнем «варг-» (например, река Варга). В таком случае Варганоап — это указание на выходца из конкретного места: «из Варгана» или «с Варги», с последующим добавлением форманта, который позже слился с основой.

Одно можно сказать точно: фамилия невеликорусская по модели образования. Её носители — потомки людей, живших, скорее всего, на стыке культур, в зоне контакта славянского и тюркского миров, например, в Казанской, Уфимской или Оренбургской губерниях. Сословная принадлежность могла быть любой — от крестьян до служилых татар, но без дополнительных архивных данных (метрических книг, ревизских сказок) точнее сказать нельзя. Фамилия настолько редкая, что в современных телефонных справочниках и базах данных она почти не встречается, что делает её настоящей загадкой для семейного историка.