Фамилия Варухины — один из тех случаев, когда женское имя легло в основу родового прозвания. Вопреки распространённому мнению, что большинство русских фамилий образовано от мужских имён, здесь сработала другая модель. В основе фамилии лежит крестильное имя Варуха — просторечная, обиходная форма имени Варвара. Сама Варвара переводится с греческого как «чужеземка», но в русской традиции это имя прочно ассоциировалось с великомученицей, покровительницей от внезапной смерти.

Почему потомки взяли фамилию по женской линии? Чаще всего это случалось, если женщина была главой семьи — вдовой, державшей хозяйство, или если её имя было более узнаваемым в округе, чем имя мужа. Реже фамилию могли дать по матери внебрачному ребёнку.

Фамилия образована по стандартной для центральной России модели: к основе «Варух» добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально «Варухин» означало «чей?» — «сын Варухи». Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, чаще присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что и произошло с именем Варуха.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно — процесс формирования шёл несколько столетий, и крестьянские фамилии закреплялись вплоть до XIX века. Однако можно предположить, что Варухины изначально жили в северных или центральных губерниях, где женские имена в основе фамилий встречаются чаще, чем на юге. Встречается и вариант написания «Варухин» с ударением на втором слоге, что характерно для вологодских и архангельских говоров.