Фамилия Василишына — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основного варианта, а мужская (Василишын) почти не встречается. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Иванов — Иванин, Кузьма — Кузьмин. Здесь основа — Василиш-, а суффикс -ын указывает на принадлежность: «чей?» — Василишин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Василиша.

Само прозвище Василиша — это разговорная, уменьшительно-ласкательная форма от мужского имени Василий. В старину на Руси было принято называть человека не полным именем, а его обиходным вариантом: Василий превращался в Васю, Васюту, Васятку, а в некоторых говорах — в Василишу. Такая форма с суффиксом -иш- характерна для северных и сибирских диалектов, где -иша могло звучать и как прозвище взрослого мужчины, и как уменьшительное для ребёнка. В отличие от стандартного «Васильев», фамилия Василишына указывает на более тесную, внутрисемейную связь: предка звали не просто Василий, а именно Василиша, и это прозвище закрепилось за его домом.

Написание через «ы» — Василишына, а не Василишина — тоже говорит о диалектной или исторической особенности. В русских фамилиях после шипящих и ц под ударением часто писали «ы» вместо «и»: Шишков — Шышков, Цыпкин. Здесь суффикс -ын под ударением, и в некоторых регионах (например, в Поволжье или на Урале) такое написание фиксировалось в метриках и переписях как норма, хотя в современном русском литературном языке предпочтительнее «Василишин».

Географически фамилия тяготеет к восточным и северным областям России. Встречается в Вологодской, Кировской, Пермской губерниях, а также среди староверов Сибири. Социальный состав носителей — преимущественно крестьянский и мещанский: Василишыными называли семьи, где главу дома знали в округе под ласковым или прозвищным именем Василиша, что могло указывать на его невысокий рост, мягкий характер или, наоборот, на обычай называть старшего в роду уменьшительно (как знак уважения к возрасту).

Таким образом, фамилия Василишына — это не просто «производная от Василий», а живое свидетельство народной словообразовательной традиции, где суффикс -ыш- и окончание -ына сохранили местный говор и семейную историю конкретного человека, которого звали Василиша.