Фамилия Ватан — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими корнями. В русском языке не существует слова «ватан» с каким-либо значением, поэтому основная версия — заимствованная основа из тюркских или кавказских языков. Наиболее вероятный источник — персидское и тюркское «ватан» (وطن), что означает «родина», «отечество». В языках народов Кавказа и Средней Азии это слово широко распространено как часть имени или прозвища: например, Ватан — мужское имя у таджиков, аварцев, лезгин, кумыков. Фамилия могла образоваться от такого имени без дополнительных суффиксов, по модели, характерной для народов Северного Кавказа и Закавказья, где фамилии часто представляют собой просто личное имя или прозвище, переданное по наследству.

Суффиксальный разбор здесь минимален: фамилия не имеет типичных русских окончаний -ов/-ев, -ин, -ский. Это указывает на то, что она, скорее всего, пришла в русский контекст в уже сложившемся виде, без адаптации к русской словообразовательной модели. Встречаются варианты с ударением на первый слог (Ва́тан) и на второй (Вата́н), что может зависеть от региональной традиции произношения. В русских документах фамилия фиксируется с конца XIX века, преимущественно среди горских евреев Дагестана и Азербайджана, а также у народов Дагестана (лезгины, табасаранцы). У горских евреев «Ватан» могло быть не только именем, но и прозвищем, данным человеку, который тосковал по родине или вернулся из долгого отсутствия.

География фамилии сегодня довольно узкая. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, носители фамилии Ватан в России сосредоточены в Дагестане (особенно в Дербенте и Магарамкентском районе), а также в Москве и Санкт-Петербурге — как результат миграции. За пределами России фамилия встречается в Израиле, Азербайджане и Турции. В Израиле, среди выходцев из горско-еврейских общин, фамилия Ватан считается одной из характерных, наряду с Агарунов, Исаков, Рабаев. Интересно, что в русской среде фамилия могла быть переосмыслена как прозвище: «вата» + суффикс -ан (редкая модель), но эта версия крайне маловероятна из-за отсутствия исторических примеров и семантической натяжки.

Сословная принадлежность предков по фамилии не прослеживается: она не была дворянской, купеческой или крестьянской в привычном русском понимании. Скорее всего, первые носители были ремесленниками, торговцами или крестьянами в общинах Восточного Кавказа. Известных исторических личностей с этой фамилией, вошедших в общероссийские энциклопедии, нет — это фамилия локального бытования, сохранившая связь с этнической и языковой средой своего происхождения.