Фамилия Ватанов — редкий случай, где географический акцент в произношении может менять всё. Если ударение падает на второй слог (Вата́нов), перед нами типичная русская фамилия с суффиксом -ов, образованная от прозвища или имени. Если же ударение на первый (Ва́танов), фамилия почти наверняка имеет армянское происхождение, где -ов — стандартный патронимический суффикс, как у Абрамова или Петросова.

В русском варианте основа «Ватан» — это либо форма крестильного имени Вата (редкое сокращение от Ваталий, народного варианта Виталия), либо прозвище. В диалектах северных и сибирских областей «вата» означала не только хлопок, но и густой туман, мглу. Человека могли прозвать Ватаном за медлительность, вялость или, наоборот, за привычку «путаться под ногами», как вата. Второй вариант — прозвище от слова «ватага» (толпа, артель): Ватаном могли называть вожака рыболовецкой или разбойничьей ватаги, но тогда логичнее была бы фамилия Ватагин.

Армянская версия прозрачнее: фамилия Ватанов (Ватанян в исконном написании) образована от имени Ватан, которое восходит к персидскому «ватан» — родина, отчизна. В армянской среде это имя давали с патриотическим подтекстом, особенно в XIX—XX веках. Суффикс -ов в русской записи закрепился в период русификации армянских фамилий, когда -ян заменяли на -ов для унификации документов.

Спорный момент: существует версия о связи с тюркским «ватан» (тоже родина), но для русской фамилии это маловероятно. Татарские и башкирские фамилии на -ов обычно образуются от арабских или тюркских имён, а «Ватан» в качестве личного имени у тюрков-мусульман практически не встречается — чаще использовали «Ватан» как абстрактное понятие.

Фамилия редкая. По переписям XIX века единичные случаи зафиксированы в Вятской губернии (русские крестьяне) и среди армянского купечества в Астрахани. В современной России носители живут рассеянно, без ярко выраженного ареала. При этом написание через «а» во втором слоге устойчиво: вариант «Вотонов» в старых документах почти не встречается, что подтверждает: основа никогда не была диалектным «вота» (болото).