Фамилия Ватанин — не самая распространённая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она связана с личным именем или прозвищем, а не с профессией или местностью. Основа здесь — «Ватан» или «Ватаня».

Если отталкиваться от суффикса -ин, то фамилия образована от имени или прозвища, оканчивающегося на -а или -я. Таким могло быть уменьшительное имя Ватаня — производное от канонического Валентин, Вадим, Владимир или, реже, от Иван. В народной речи имена укорачивали и добавляли ласкательные суффиксы: Ватаня, Ватаня. Тогда Ватанин означает «потомок Ватани».

Есть и другая версия — от прозвища Ватан. В некоторых русских говорах «ватан» или «ватань» могло означать что-то связанное с ватой (например, «ватный», «мягкий», «рыхлый»), но это предположительно. В словарях диалектов такое слово не фиксируется как распространённое, поэтому данная версия менее правдоподобна. Гораздо вероятнее, что в основе лежит личное имя, а не предмет.

Интересно, что фамилия Ватанин встречается в основном в центральных и северных регионах России, в частности в Вологодской и Костромской областях. Это косвенно подтверждает, что она могла возникнуть из местной уменьшительной формы имени, а не из заимствованного слова. В документах XIX века можно найти крестьян и мещан с такой фамилией — сословного барьера у неё не было.

Если сравнивать с однокоренными, то близки фамилии Ватанов, Ватановский, Ватаничев. Но суффикс -ин указывает на более древнюю модель, характерную для имён на -а. Так что Ватанин — типичный пример фамилии, образованной от домашнего, неканонического имени, которое со временем забылось, а фамилия осталась.