Фамилия Ватаншоев — редкий пример фамилии, образованной от сложного имени-пожелания с прозрачной, но не славянской этимологией. Основа — персидское слово «ватан» (родина, отчизна), которое в тюркских и иранских языках стало частью составных личных имён. Второй элемент «шо» — это диалектный или сокращённый вариант персидского «шах» (царь, правитель). Таким образом, имя Ватаншо означает «царь родины» или «владыка отчизны» — типичное для мусульманского Востока имя-композитум, где к патриотическому понятию добавляется титул.

Русский суффикс -ев, присоединённый к основе Ватаншоев, указывает на принадлежность: «сын Ватаншо» (чьих? — Ватаншоевых). Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде таджиков, памирских народов или тюркских этносов Центральной Азии, которые в XIX–XX веках входили в состав Российской империи. Тогда при переписях и паспортизации имена местных жителей русифицировали, добавляя фамильные суффиксы -ов/-ев. Носители фамилии Ватаншоев — почти исключительно выходцы из Таджикистана, в первую очередь с Памира (Горно-Бадахшанская автономная область), где имена с компонентом «шо» особенно распространены.

Словообразовательная модель фамилии необычна для русского уха: корень не славянский, а иранский, суффикс же — типично русский. Это делает фамилию Ватаншоев ярким свидетельством культурного и языкового контакта: местное имя «обрусело» в документах, но сохранило исходный смысл. Двойной суффикс -ш-оев встречается редко: обычно в таких фамилиях конечный звук имени переходит в -ев без промежуточного элемента, но здесь он закрепился из-за того, что имя оканчивается на -о.

В отличие от многих русских фамилий, у Ватаншоева нет прозвищного или ремесленного происхождения. Это «именная» фамилия, напрямую ведущая родословную от конкретного человека по имени Ватаншо. Поскольку имя было редким и патриотически окрашенным, можно предположить, что предок-основатель либо получил его при рождении в знак любви к родине, либо носил как почётное прозвище. Географическая привязка к Памиру остаётся основной: за пределами Таджикистана фамилия практически не встречается.