Фамилия Ватанян — яркий представитель армянской ономастики, и её разговор стоит начать с суффикса, а не с корня. Окончание -ян (в старой орфографии — -янц) — это классический патронимический формант, означающий «принадлежащий к роду» или «потомок». По-русски он соответствует суффиксам -ов/-ев или -ин. Таким образом, Ватанян буквально переводится как «из рода Ватана» или «сын Ватана».

Основа фамилии — имя Ватан. Это сокращённая, обиходная форма от полного имени Ватане, которое, в свою очередь, является армянским вариантом библейского имени Варфоломей. В армянской традиции имя Варфоломей (Бартухимеос) часто сокращалось до Ватане, а в быту — до Ватан. Следовательно, предок носителя фамилии, скорее всего, был назван в честь апостола Варфоломея, которого армянская церковь особо почитает как одного из первых просветителей страны.

Встречается и бытовая версия, связывающая корень «ват» с армянским словом «ваг» — «топливо», «дрова». По этой гипотезе, Ватанян могло быть прозвищем дровосека или торговца топливом. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ян в армянском языке образует фамилии почти исключительно от личных имён, а не от названий предметов. Прозвища по профессии обычно оставались в виде простых слов без патронимического суффикса.

Географически фамилия Ватанян распространена в исторических регионах Западной Армении, особенно в окрестностях Вана и Муша, а также среди потомков выходцев из этих земель. В современной России и странах СНГ её можно встретить в общинах, сформированных армянскими переселенцами XIX–XX веков. Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: от крестьян и ремесленников до священнослужителей, ведь имя апостола давало повод для его почитания в разных слоях общества.