Фамилия Вацуева образована от мужского имени или прозвища Вацуй. В основе, скорее всего, лежит разговорная форма крестильного имени Вацлав (чешское Václav, польское Wacław), которое в русской среде могло трансформироваться в Вацуй через уменьшительный суффикс -уй. Такое стяжение — обычное дело для народной речи: полное имя сокращали, а потом добавляли фамильный суффикс, указывающий на принадлежность роду: Вацуев — «сын Вацуя».

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й. В данном случае — на й, который при письме перешёл в е. Фамилия типична для южнорусских и украинских говоров, где фамилии на -ев встречаются чаще, чем в северных регионах. Встречаются однокоренные варианты: Вацура, Вацко, Вацунов — все они восходят к тому же имени Вацлав.

Есть и другая, менее вероятная версия: от прозвища Вацуй, связанного с глаголом «ва́цать» — в некоторых диалектах так говорят о неуклюжей, медлительной походке или о человеке, который «валяется», бездельничает. Но эта гипотеза слабее, поскольку диалектный глагол редок и не зафиксирован в основных ономастических источниках.

География фамилии узкая: основная масса носителей сосредоточена в Воронежской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами и возможное польское или чешское происхождение предка, осевшего на этих землях в XVIII–XIX веках.