Фамилия Вайер — одна из тех, что пришли в русский язык из немецкого, а в немецком выглядит как Weier, Weyer или Weiher. Разобраться с её происхождением проще всего, если заглянуть в средневерхненемецкий язык: там было слово wīher (а также варианты wīer и wīwer) — «рыбный водоём». От него и пошло прозвище, которое потом закрепилось как фамилия.

Самый прямой сценарий: человек жил у такого водоёма, и соседи называли его по месту — «Вайер». Со временем прозвище перешло к детям и внукам, уже не имевшим никакого отношения к конкретному пруду, но носившим фамилию как родовой знак. Другой, не менее вероятный вариант: основатель рода Вайер был выходцем из населённого пункта с таким названием. Названий этих в Германии много — маленькие деревни, хутора, даже отдельные усадьбы у прудов. Топонимов Weier, Weyer, Weiher в немецкоязычных землях десятки, и определить, откуда именно приехал предок, уже невозможно.

Словообразовательная модель простая: фамилия образована без суффикса, напрямую от прозвища. В немецкой ономастике это обычный путь для фамилий, указывающих на место жительства (так называемые Wohnstättennamen). Никакого «русского» суффикса вроде -ов или -ин здесь нет — фамилия пришла в готовом виде и сохранила исходное написание, хотя в русском произношении ударение почти всегда падает на первый слог: Вáйер.

В отличие, скажем, от фамилии Вайнер (от Weiner — «винодел»), Вайер не связан с профессией. Это чисто географическая или топографическая фамилия. Если ваш предок носил её, скорее всего, он жил у воды — или его предки жили у воды, а сам он уже перебрался в город, но фамилия осталась напоминанием о старом доме.