Фамилия Великонда — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не крестильное имя, а географический объект, причём не русский, а, скорее всего, финно-угорский или балтийский. Сразу бросается в глаза необычная конструкция: в русских фамилиях почти не встречается сочетание «велико-» с корнем «-конда». Если бы фамилия была образована от прилагательного «великий» и существительного «конда» (что бы это ни значило), она скорее имела бы форму Великондов или Великондин. Суффикс -а в конце указывает на то, что перед нами не типичная русская патронимическая модель, а застывшая форма, возможно, адаптированная на русской почве.

Самая вероятная версия отсылает к топониму Великонда (Võhikonna, Velikonda) — так называлась мыза (поместье) и деревня на территории современной Эстонии, в исторической области Вирумаа. Название это, в свою очередь, происходит от эстонского võhi — «чужой, пришлый» (или võhik — «невежда, профан») и konn — «лягушка». Звучит нелестно, но в ономастике прозвищные названия поселений — обычное дело. Носитель фамилии Великонда мог быть выходцем из этой местности, либо его предок получил прозвище по месту жительства. В пользу этой гипотезы говорит и география: фамилия встречается в основном на северо-западе России, в Ленинградской области и Петербурге, что исторически связано с переселением прибалтийских немцев и эстонцев.

Менее убедительная версия пытается вывести фамилию из греческого «великий» и «кондак» (краткое церковное песнопение). Но для русского уха такое сложение неестественно, и нет ни одного документального подтверждения, что греческие церковные термины когда-либо становились основой для русских прозвищ в таком виде. Скорее всего, это досужая догадка, основанная на созвучии.

Таким образом, фамилия Великонда — это топонимическое прозвище, указывающее на эстонские корни предка. Она не связана ни с каким титулом, ни с ремеслом, а просто называет человека по той земле, откуда он пришёл. В русском контексте фамилия осталась редкой, и её носители — это, вероятно, потомки обрусевших прибалтийских крестьян или мелких помещиков, переселившихся в имперскую Россию в XVIII–XIX веках.