Фамилия Вербенин образована от прозвища или нецерковного имени Вербена. В русском языке слово «вербена» известно в двух значениях: как название травянистого растения (Verbena officinalis) и как диалектное обозначение вербы, ивы. Скорее всего, в основе фамилии лежит именно ботанический термин — так могли прозвать человека, жившего вблизи зарослей вербы, либо занимавшегося сбором лекарственных трав (вербена широко использовалась в народной медицине). Менее вероятна связь с личным именем Вербена, которое встречалось в южнославянских землях, но в русской традиции не было распространено.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Вербенин — «сын Вербены» или «из рода Вербениных». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён с окончанием на -а, -я. Интересно, что фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Тамбовской областях, что косвенно подтверждает связь с местной флорой — в чернозёмной полосе верба растёт повсеместно.

В ономастических справочниках фамилия Вербенин не относится к числу широко изученных, но её прозрачная этимология позволяет уверенно говорить о прозвищном происхождении. В отличие от фамилий Вербин или Вербов, где корень «верб-» очевидно связан с деревом, Вербенин сохраняет более редкую форму — через растение вербену. Это делает фамилию необычной даже среди однокоренных: она могла возникнуть в среде травников или людей, чей быт был тесно связан с луговыми травами.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована в массовых источниках, но по географии и модели образования можно предположить, что Вербенины — потомки крестьян или однодворцев южнорусских губерний. Фамилия не дворянская и не купеческая, что подтверждается отсутствием в родословных книгах.