Фамилия Вербушкин образована от мирского имени Вербушка — так в старину ласково называли вербу. В дохристианской и раннехристианской традиции родители нередко давали ребёнку «растительное» имя, чтобы природа приняла его как своего. Считалось: назовёшь мальчика Вербушкой — и к нему перейдут гибкость, живучесть и ранняя сила вербы. Имя было нецерковным, но вполне обычным в быту, пока в конце XVII века Синод не начал борьбу с такими «некалендарными» прозвищами.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Вербушкин, то есть сын Вербушки). В русских фамилиях этот суффикс типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я: Вербушка → Вербушкин, как Кузьма → Кузьмин или Илья → Ильин. Мужская фамилия сохранила форму, не меняющуюся по родам: «Вербушкин» для мужчины, «Вербушкина» для женщины.

Верба в народной культуре — дерево-первенец весны, символ пробуждения и обновления. Поэтому имя Вербушка могло нести и пожелательный смысл: чтобы ребёнок рос быстрым, здоровым, распускался раньше других. В некоторых диалектах «вербушкой» называли не только дерево, но и веточку, освящённую в Вербное воскресенье, — имя могло быть связано с днём рождения ребёнка (за неделю до Пасхи).

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, где верба — обычное дерево в поймах рек. Однокоренные фамилии — Вербов, Вербицкий, Вербовой — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами: -ов, -ский, -ой. Вербушкин стоит особняком: уменьшительно-ласкательная основа выдаёт неформальное, домашнее происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был известен в своей деревне или слободе именно как Вербушка — либо по имени, либо по прозвищу, данному за мягкий нрав или внешнее сходство с вербой.