Фамилия Верхушкина — женская форма, мужской вариант пишется Верхушкин. Она образована по простой и самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени при помощи суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Верхушкин, то есть сын Верхушки). В основе лежит слово «верхушка». Казалось бы, всё прозрачно, но именно эта прозрачность скрывает несколько возможных путей происхождения.

Самое прямое объяснение — прозвище Верхушка давали человеку небольшого роста или, наоборот, тому, кто «выбился в верха», занял высокое положение. Однако в русских говорах у слова «верхушка» были и другие значения. В некоторых регионах так называли верхнюю часть снопа или стога, а также часть рыболовной сети. В этом случае прозвище мог получить крестьянин, отвечавший за укладку сена, или рыбак, работавший с определённым типом снастей. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «верховать» — главенствовать, верховодить; тогда Верхушка — это «старшой», предводитель.

С точки зрения географии, фамилия Верхушкина не является массовой. Она встречается в центральных областях России, а также в Поволжье. Единичные случаи зафиксированы в Сибири, куда фамилия могла попасть с переселенцами. Интересно, что однокоренные фамилии — Верхушин, Верховцев, Вершинин — имеют ту же смысловую основу, но разное словообразование. Верхушкина стоит особняком: суффикс -ушк- придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, что для фамилий на -ин встречается реже, чем для прозвищ.

Сословно Верхушкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин у дворянства встречаются, но редко, и обычно происходят от полных канонических имён (например, Пушкин — от Пушка, а не от «пушки»). Здесь же основа — нарицательное слово, что указывает на бытовое, а не аристократическое происхождение. В дореволюционных метрических книгах эту фамилию можно найти прежде всего среди государственных и помещичьих крестьян.

Таким образом, носительница фамилии Верхушкина может считать себя потомком человека, которого в деревне прозвали за рост, за положение или за особенность работы — но в любом случае прозвище было метким и запоминающимся.