Фамилия Верхушин — типичный пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от личного прозвища предка. Её основа — прозвище Верхуша, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Верхушин», то есть сын, потомок Верхуши.

Что означало прозвище Верхуша? В русских говорах слово «верх» имело много значений, но прозвище чаще всего давали по двум линиям. Первая — по характеру или поведению: «верхушей» могли назвать заносчивого, гордого человека, который «держит нос кверху». Вторая линия связана с положением в обществе или на службе: так могли прозвать того, кто занимал высокое место, был старшим, «верхним» в иерархии — например, старшину или выборного голову.

Интересно, что слово «верхуша» фиксируется и в прямом, географическом смысле: в северных и сибирских говорах так называли человека, жившего в верхней части села, «на верху». Для деревенского уклада, где каждый знал соседа по месту жительства, такое прозвище было естественным и понятным.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Верхушин стоит в одном ряду с Верховиным, Верхоносцевым или Вершининым. Но суффикс -уш- (как в Верхуша) придаёт прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок, хотя в данном случае он, скорее, не смягчает, а просто оформляет слово. Такая модель образования (основа на -а + суффикс -ин) характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства.

Таким образом, предок носителей фамилии Верхушин — человек, которого в своей общине называли Верхушей: либо за нрав, либо за место жительства, либо за положение. Точного ответа, какая из версий верна для конкретной семьи, уже не найти, но все они укладываются в логику русского бытового именования XVI–XVII веков.