Фамилия Верхуша происходит от прозвища, которое давали человеку по месту жительства или роду занятий. В основе лежит слово «верх» — так в русских говорах называли либо жителя верхнего конца села, либо того, кто жил на возвышенности, на верху. В северных и сибирских диалектах «верхуша» могла означать и верхового — человека, который ходил на лодке против течения, в верховья реки. Такое прозвище легко закреплялось за лоцманом или рыбаком, знавшим верхнее течение.

Модель образования проста: прозвище Верхуша перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Это характерно для так называемых «прозвищных» фамилий, которые не меняли форму при передаче потомкам. Встречается и вариант с суффиксом -ин — Верхушин, но сама Верхуша осталась в исходном виде, что указывает на давнее закрепление прозвища именно как фамильного имени.

Фамилия редкая, географически привязана к северным и центральным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем в Вятке и на Урале. Владельцы фамилии, скорее всего, происходили из среды свободных крестьян или ремесленников, а не из дворянства — фамилии без суффикса -ов/-ев редко встречались у высших сословий.

Однокоренные фамилии — Верхушин, Верховцев, Верховский — имеют ту же основу, но разные суффиксы, указывающие на принадлежность или место. Верхуша стоит особняком: она не «притяжательная», а описательная, и потому сохранила больше оттенков исходного прозвища.