Фамилия Верхушина — классический пример русской фамилии, образованной от прозвища. Её основа — слово «верхуша», которое в старину имело несколько значений, и все они связаны с положением сверху или характером человека.

Самый прямой смысл прозвища Верхуша — «верхушка», то есть нечто, находящееся наверху. Так могли назвать человека, который жил на возвышенности, на вершине холма или в верхней части села. В диалектах слово «верхуша» также означало «вершина горы» или «верхний конец деревни». Второе, не менее распространённое значение — «верховод», заводила, тот, кто берёт на себя руководство. В этом смысле прозвище Верхуша давали человеку бойкому, властному или склонному командовать.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Верхушины — это потомки Верхуши. Такая модель образования фамилий (от прозвища на -а, -я с прибавлением -ин) типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия Верхушина чаще всего встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с рельефом местности: в этих регионах много сёл, расположенных на высоких берегах рек.

В ономастических словарях фамилию Верхушин (мужская форма) возводят к нецерковному имени или прозвищу Верхуша. Схожие фамилии — Верхунов, Вершинин, Верховцев — все они так или иначе обыгрывают идею высоты или главенства. Но Верхушина отличается от них именно прозвищной основой: «верхуша» звучало конкретнее и бытовее, чем абстрактные «верх» или «вершина».

Таким образом, фамилия Верхушина могла закрепиться за потомками либо жителя верхнего края деревни, либо человека с властным характером. Оба варианта правдоподобны, и без точных данных о месте проживания конкретной семьи выбрать между ними невозможно.