Фамилия Вергунова образована от прозвища Вергун, которое восходит к украинскому слову «вергун» - сорт табака. Вероятно, такое прозвище получил человек, который курил или нюхал табак. По другой версии, прозвище Вергун образовано от существительного «вергуни» - хворост (жареное в масле печенье). В этом случае так могли прозвать любителя выпечки. Кроме того, не исключено, что в основе прозвища лежит глагол «вергать» - «бросать, кидать, метать, опрокидывать, валять». Возможно, Вергуном прозвали большого, неуклюжего человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Вергун, со временем получил фамилию Вергунова.