Фамилия Вергунова — женская форма фамилии Вергунов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Вергун. Слово «вергун» многозначное, поэтому у прозвища есть несколько объяснений, и ни одно из них не выглядит натянутым.

Самая вероятная версия — украинская. В украинском языке «вергун» означает сорт крепкого табака. Прозвище Вергун могли дать заядлому курильщику или человеку, который нюхал табак. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Вергуновы исторически локализована на юге России и в украинских землях, где табаководство было распространено. Вторая бытовая версия — от «вергуни»: так на юге называли хворост, жареное печенье. Тогда прозвище получал любитель сладкой выпечки или тот, кто её пёк.

Есть и третья, менее конкретная, но тоже возможная гипотеза — от глагола «вергать» (бросать, кидать, опрокидывать). В этом случае Вергуном могли прозвать большого, неуклюжего человека, который всё ронял или «вергал» предметы. Но эта версия слабее: в говорах глагол «вергать» не дал устойчивого прозвищного суффикса -ун, в отличие от украинских «вергун» и «вергуни».

Сама модель образования проста: суффикс -ов- присоединился к прозвищу Вергун, что типично для русских фамилий, возникших в XVI–XVII веках. Женская форма Вергунова закрепилась как фамилия жены или дочери Вергунова. По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами Черниговской, Полтавской, Курской губерний — там, где слово «вергун» было в ходу. Фамилия недворянская, в родословные книги не вносилась, но распространена устойчиво.