Фамилия Верхняя — одна из тех, что не вписывается в привычную схему «основа + суффикс принадлежности». Она застыла в форме прилагательного женского рода, и это сразу выдаёт её происхождение. Скорее всего, перед нами не потомственная родовая фамилия в классическом понимании, а так называемая «уличная» или прозвищная фамилия, которая закрепилась за конкретной женщиной или семьёй в северных и сибирских говорах, где такие формы встречаются чаще.

Разберём основу. «Верхняя» — прямое указание на место жительства или положение. В русских говорах «верхним» могли называть того, кто живёт выше по течению реки, на возвышенности, в верхней части села. Если в деревне было две части — Верхняя и Нижняя, — то прозвище «Верхняя» получала женщина из верхнего конца. Со временем, особенно в среде, где фамилии ещё не устоялись, такое прозвище могло стать фамилией для всей семьи, перейдя по наследству. В официальных документах XIX века женские формы фамилий иногда фиксировались как основные, если хозяйкой двора была вдова или незамужняя женщина.

Интересно, что суффикса -ов/-ев или -ин здесь нет — это редкая для русских фамилий «адьективная» модель, когда слово остаётся в форме прилагательного. Такие фамилии (Белая, Кривая, Дальняя) чаще встречаются на Русском Севере, в Поморье и в Сибири, куда переселенцы приносили свои говоры. В центральных губерниях их обычно «переделывали» на мужской лад — Верхнев, Верхний.

Менее вероятная, но возможная версия: прозвище «Верхняя» могло относиться к верхней одежде или к должности. Например, в артелях так называли женщину, которая носила верхнюю одежду на продажу или заведовала верхним складом. Однако географическая привязка к месту жительства остаётся главной.

В современной России фамилия Верхняя редкая. Её носительницы в основном сосредоточены в нескольких регионах: Архангельская область, Пермский край, отдельные семьи в Забайкалье. Встречается она и у казаков — как следствие переселенческих потоков. Фамилия не имеет дворянского происхождения и не связана с известными историческими родами, но зато прямо говорит о быте и укладе: предки жили «на верху», в прямом смысле слова.