Фамилия Вернега — редкий пример прозвища, которое не укладывается в привычные словообразовательные модели. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -а указывает на субстантивированную форму, то есть прозвище стало фамилией без дополнительных изменений. Скорее всего, её дали одному человеку, и она закрепилась за его потомками в неизменном виде.

Основная версия связывает фамилию с диалектным словом «вернений» — «вернувшийся». В северных и сибирских говорах так могли назвать человека, который возвратился домой после долгого отсутствия, особенно если его уже считали погибшим или пропавшим. Прозвище Вернега в таком случае несло оттенок неожиданного возвращения, почти чуда.

Другая гипотеза выводит прозвище из слова «вернина» — «скалка». Тогда Вернегой могли прозвать женщину, которая часто пользовалась этим кухонным предметом, или мужчину, чья профессия была связана с выпечкой. Однако эта версия менее вероятна, так как скалка — орудие домашнего хозяйства, а не промысла.

Ономасты отмечают и региональные варианты основы. В архангельских говорах «вернь» означает «сучок» — прозвище могли дать человеку с неровной, узловатой фигурой или с особенностью характера, которую сравнивали с занозой. В пермских говорах «верня» — «бойкая, резвая женщина», что указывает на возможное женское происхождение прозвища. Если Вернегой назвали женщину, фамилия могла закрепиться за её детьми без изменения окончания.

Французская версия — от названия провинции Вернег — выглядит натянутой. В русских документах нет следов переселенцев из этого региона, а сама фамилия не встречается в западных губерниях, где такие заимствования возможны. Скорее всего, это случайное созвучие.