Фамилия Вершынин — типичный пример «географической» фамилии, образованной не от прозвища или ремесла, а от названия населённого пункта. В её основе лежит топоним Вершина, Вершинино, Вершинская — таких сёл и деревень в России десятки, особенно в центральных и северных областях. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвище Верша или Вершина, а его дети уже записывались как Вершинины. Суффикс -ин здесь стандартный: он указывает на принадлежность («чей?» — «Вершинин сын»), так что фамилия буквально означает «потомок того, кто с Вершины».

Корень «верх-» в русском языке многозначен. Помимо прямого значения «верхняя часть», слово «вершина» в диалектах могло означать не только гору или холм, но и верховье реки, и даже отдельный хутор на возвышенности. Поэтому предки Вершининых с равной вероятностью могли быть жителями деревни на пригорке или выходцами из села Вершинино, каких немало в Вологодской, Кировской, Архангельской областях. В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилия Вершинин приводится в ряду типичных «сельских» фамилий на -ин, образованных от названий мест.

Интересная деталь: в некоторых говорах «вершиной» называли не только географический объект, но и верхнюю часть снопа, которую ставили наверх в копне. Вряд ли это стало основой для прозвища — слишком узкое значение, — но исключать полностью нельзя. Однако основная версия остаётся топонимической: фамилия Вершынин (с «ы» после «ш») — это орфографический вариант, возникший из-за произношения (после шипящих «и» и «ы» звучат одинаково). В старых документах могли писать и Вершинин, и Вершынин, и даже Вершенов — путаница с суффиксами встречалась, но -ин всегда преобладал.

Сословная принадлежность у Вершининых разная. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне Вершинины из-под Вологды и посадские люди из северных городов. Дворянские ветви тоже были — например, Вершинины упоминаются в родословных книгах Тверской и Костромской губерний, но это скорее исключение. Большинство носителей фамилии — потомки крестьян и мещан, чьи предки когда-то взяли фамилию по названию родной деревни.