Фамилия Верстунин — одна из тех, где корень с первого взгляда кажется прозрачным, но на деле таит неожиданность. В основе лежит слово «верста», но не в значении меры длины, а в значении «ровня, пара, чета». В старину выражение «быть с кем-то в одну версту» означало «быть равным, подходящим друг другу». Отсюда и «верстунить» — подбирать пару, равнять, сводить ровню. Верстуниным могли прозвать человека, который занимался сватовством, подбором пар, или же того, кто отличался ровным, уравновешенным характером — «под стать» всем.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Верстунин — «сын Верстуна» или «из семьи Верстуновых». Форма на -ун характерна для прозвищ, образованных от глаголов: «верстунить» дало «верстун» — деятель, носитель этого качества. Такая модель встречается в русских фамилиях реже, чем на -ов, что делает Верстунина заметной на фоне более частотных однокоренных вариантов вроде Верстова или Верстина.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: встречается в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, а также в Поволжье. В этих краях слово «верста» в значении «ровня» было особенно употребительно в крестьянской среде. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Верстун, от которого фамилия и пошла.

Спорная версия — связь с «верстой» как мерой пути. В этом случае Верстуниным могли называть человека, который отмерял расстояния, например, дорожного мастера или гонца. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ун редко прикрепляется к существительным в значении орудия или меры (скажем, «сажень» → «саженун» не встречается). Поэтому версия с «ровней» и подбором пар остаётся основной.

В XIX веке фамилия фиксируется в основном за крестьянами и мещанами. Дворянских родов Верстуниных не отмечено — это фамилия, которая вышла из народной среды и сохранила живой отпечаток деревенского быта и языка.