Фамилия Вильканец — редкая, с очень характерным окончанием, которое сразу выдаёт её географическое происхождение. Суффикс -ец в русских фамилиях чаще всего указывает на выходца с определённой территории (ср. Тамбовец, Ростовец, Донец). В данном случае это, скорее всего, указание на конкретное место — село или хутор с названием Вилька, Вильки или Вильковичи. Такие топонимы встречаются в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси, где слово «вілька» (укр.) или «вільха» (бел.) означает «ольха». То есть предок мог быть человеком, который жил у Ольхового ручья, в Ольховке или в поселении, названном по этой примете.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию с личным именем или прозвищем. В балтийских языках (литовском, латышском) есть корень vilka-, означающий «волк». Учитывая, что фамилия имеет польский или западнорусский суффикс, нельзя исключать, что в основе лежит балтское прозвище Вилькас — «волчонок», «волк». Носитель такого прозвища мог перейти на славянские земли, где его потомки получили фамилию с местным окончанием -ец. Эта версия слабее, но её поддерживает то, что фамилия звучит инородно для центральной России: сочетание «ль» перед согласной для восточнославянских языков нехарактерно.

С точки зрения словообразования, фамилия оформлена по той же модели, что и, например, Кованец (от коваль — кузнец) или Стрелец. Но в отличие от них, основа Вилькан- не является названием профессии. Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия, образованная от названия места жительства. Это значит, что предок Вильканца не носил «ремесленного» прозвища, а получил фамилию по деревне, из которой вышел. Подобные фамилии часто оставались закреплёнными за одним родом, даже если семья переезжала в другой уезд.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется: с окончанием -ец могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных и телефонных справочниках носители фамилии Вильканец фиксируются в основном на западе России (Псковская, Смоленская области) и в сопредельных странах. Это подтверждает версию о западном, возможно, белорусско-псковском пограничье как о первичном ареале фамилии.