Фамилия Виницын — редкий случай, когда основа настолько стерта временем, что приходится выбирать между несколькими версиями, и ни одна из них не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от имен или прозвищ с конечным -а/-я (Иван → Иванов, но Иваня → Иванин), здесь мы имеем дело с основой, которая не встречается в современных крестильных именах.

Первая и самая простая версия — связь с диалектным словом «виница». В некоторых говорах так называли пьяницу, горького пропойцу. Суффикс -ын (в современном написании -ин) в этом случае работает стандартно: прозвище Виница → «сын Виницы» → Виницын. Версия правдоподобна, но не бесспорна: слово «виница» фиксируется словарями как редкое, локальное.

Вторая версия отталкивается от того, что фамилия могла быть прозвищной, но с другим корнем. В старых писцовых книгах встречается слово «винца» — уменьшительное от «вина» (как «водица» от «вода»). Прозвище Винца мог получить человек, имевший отношение к виноделию, торговле вином или просто любитель выпить. Фонетически «Виницын» легко выводится из «Винца»: ц переходит в ц (твердый), а гласная под влиянием аканья или народной этимологии могла измениться.

Третий, самый осторожный вариант — связь с некалендарным именем Виница. В дохристианской Руси существовали имена, образованные от названий растений, животных или качеств. «Виница» могло быть производным от «виться», «вить», но убедительных примеров в ономастической литературе нет. Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» не приводит Виницына в числе типичных, что подтверждает редкость и неочевидность корня.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, встречается в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. В писцовых книгах XVI–XVII веков Виницыны фиксируются среди крестьян и посадских людей — дворянских родов с такой фамилией не обнаружено. Суффикс -ин указывает на относительно позднее оформление фамилии (XVII–XVIII века), когда прозвища на -а уже активно переходили в фамилии.

Из трех версий наиболее правдоподобна первая — от прозвища Виница в значении «пьяница». Она объясняет и форму, и бытовую логику: прозвища по недостаткам давались часто. Вторая версия (от «винца») возможна, но требует допущения о том, что основа успела измениться до закрепления фамилии. Третья — слишком умозрительная.