Фамилия Водолазкины, как и её мужская форма Водолазкин, происходит от прозвища Водолазка. Словообразовательная модель с суффиксом -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Водолазки». В основе лежит нарицательное «водолаз» — человек, который ныряет и работает под водой. В народной среде так могли назвать не только профессионального ныряльщика, но и того, кто добывал жемчуг со дна рек. В драме Островского «Снегурочка» купец Мизгирь упоминает «проворных водолазов», которых посылали за жемчугом — это отражает реальный промысел, бытовавший в северных и центральных губерниях России.

Однако прозвище Водолазка не всегда связывали с ремеслом. В северных деревнях, где купание в ледяной воде считалось обычным делом, так могли прозвать человека, который не боялся холода и купался зимой. Есть и ироническая версия: прозвище могли дать тому, кто однажды едва не утонул, — как насмешливое напоминание о происшествии. В любом случае, прозвище закрепилось за человеком как обиходное именование, а позже перешло в фамилию, которую унаследовали потомки.

Фамилия Водолазкин фиксируется в разных регионах, но чаще встречается на севере и северо-востоке европейской части России, где промысел жемчуга и речное рыболовство были развиты. В отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -ин типична для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я, что подтверждает именно прозвищное происхождение. Точное время возникновения фамилии Водолазкины установить сложно: как и многие крестьянские фамилии, она могла оформиться в XVIII–XIX веках, когда прозвища стали передаваться по наследству. Для окончательных выводов о месте и времени понадобятся серьёзные генеалогические изыскания, но ясно одно: фамилия хранит память о занятии, черте характера или курьёзном случае из жизни предка.