Фамилия Водяной — одна из тех, где за простым словом скрывается несколько возможных историй, и выбирать самую правдоподобную приходится с оглядкой на древние верования и быт. Вопреки первому впечатлению, её вряд ли дали за профессию или место жительства у воды — хотя полностью исключать топонимическую версию нельзя. Куда убедительнее выглядит гипотеза о мирском имени Водяной, которое давали ребёнку как оберег.

В языческой традиции восточных славян существовал обычай «охранных» имён. Родители, опасаясь сглаза или злых духов, нарекали младенца заведомо непривлекательным или «нечеловеческим» прозвищем — считалось, что такая хитрость обманет нечистую силу и та не позарится на ребёнка. Имя Водяной (отсылающее к духу водоёмов) в этом ряду стоит рядом с такими прозвищами, как Вихорь, Леший или Болото. Надеясь вырастить здорового и красивого мальчика, его нарекали Водяным — и, по народной логике, это гарантировало обратный результат.

Словообразовательно фамилия Водяной укладывается в типичную русскую модель бессуффиксных фамилий, образованных от полных прозвищ или имён прилагательных (ср. Толстой, Босой, Кривой). Суффикс -ой здесь не фамильный, а остаток старой флексии именительного падежа прилагательного. Потомок человека по прозвищу Водяной так и записывался — Водяной, без дополнительного форманта.

Встречается фамилия в разных вариациях: Водяной, Водяная, Водяные. Наибольшее распространение имеет на юге России и Украине, что логично — в регионах с обилием рек и озёр прозвище могло возникать чаще. В письменных источниках XVII–XVIII веков фиксируются крестьяне и казаки с таким именованием, но привязать фамилию к конкретному сословию сложно: она встречалась и среди сельских жителей, и среди мещан.

В ономастике фамилию относят к «водным» — однокоренные варианты (Водин, Водянов, Водопьянов) образуют целое гнездо. Но Водяной стоит особняком: если Водянов — это «чей-то сын Водяна», то Водяной напрямую наследует прозвище без изменений, что указывает на раннее закрепление фамилии.