Фамилия Волконитен — редкая и по звучанию, и по способу образования. У неё нет ничего общего с «волком» или «конём», хотя первая ассоциация именно такова. На самом деле корень здесь — «Волк» или «Волко», а вторая часть — «-нитен» — указывает на географическое происхождение.

Это фамилия, скорее всего, литовского или балтийского корня. В литовском языке суффикс «-нис» (-nis) или «-нис» (-nys) часто образует фамилии от названий мест, а окончание «-ен» (-en) — типичный способ русификации литовских фамилий в XIX–XX веках. Сравните с фамилиями Вайткенис, Буткенис, которые в русской записи превращались в Вайткен, Буткен. «Волконитен» — это, вероятно, русифицированная форма литовской фамилии Vilkónis или Vilkónienė.

Основа «Vilk-» в литовском — «волк» (vilkas). То есть исходная фамилия могла быть прозвищем человека, связанного с волком: охотника на волков, обладателя волчьей черты характера или просто жителя местности, где водились волки. Но ещё вероятнее — это топонимическая фамилия: от названия хутора или деревни, например, Vilkoniai (Волконяй). Человек, переселившийся в русскоязычную среду, получал фамилию по месту прежнего жительства — Волконитен.

Встречается эта фамилия крайне редко, в основном на северо-западе России и в Литве. В дореволюционных документах могла писаться как Волконитенъ, Волконитен, а в литовском варианте — Vilkónis. В русском языке ударение, скорее всего, падает на последний слог: Волкони́тен.

Таким образом, носитель фамилии Волконитен — потомок выходца из литовских или жемайтских земель, чья фамилия произошла либо от прозвища «волк», либо от названия населённого пункта, где жили его предки.