Фамилия Вологдин — классический пример «географической» фамилии, образованной от прозвища Вологда. Так, а также словами «вологжанин», «вологодчанин» или «вологодец», в старину называли жителя города Вологды, известного с XIII века. Основатель рода Вологдиных, скорее всего, был уроженцем этих мест или долгое время там жил, а потом, переселившись, получил прозвище по прежнему месту жительства.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Вологды. Такая модель («город + -ин») типична для северных и центральных областей России, где фамилии нередко образовывались от названий городов и рек. Сравните: Москвин, Тверитин, Казанин, Пермитин. Вологдин стоит в том же ряду, что и, например, Вологжанинов — но вторая форма встречается реже и считается более поздней, книжной.

История самой Вологды запутанна и породила несколько версий происхождения её названия. Самая распространённая связывает слово «Вологда» с угро-финскими языками: от «волок» («большой лес») или от зырянского «волоква» («лесная вода» или «ясная вода»). Есть и славянская гипотеза, возводящая имя города к княжеским именам — Всеволод, Рогволод или Рогволгд. Наконец, по народному преданию, название пошло от древнего племени Волотов, которые почитали великанов-богов и обитали по берегам реки Вологды и Кубенского озера до крещения Руси.

Любопытная деталь: у Вологды есть и неофициальное имя — Насон-город. Оно связано с днём памяти святых апостолов Иасона и Сосипатра (28 апреля 1565 года), когда Иван Грозный заложил здесь каменную крепость. Это предание закрепилось в песнях и местных сказаниях, но на фамилию Вологдин оно уже не повлияло — прозвище возникло раньше.

Статья «Вологдин» в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подтверждает: фамилия образована от названия города, а суффикс -ин — один из самых продуктивных для «географических» фамилий на севере. В переписях и писцовых книгах XVI–XVII веков Вологдины встречаются не только в самой Вологде, но и в соседних уездах, что говорит о раннем расселении рода.