Фамилия Вологдин образована от прозвища Вологда. Вологдой (а также вологжанином, вологодчанином и вологодцем) называли жителя Вологды, русского города, известного с XIII века. Вероятно, основатель рода Вологдиных был уроженцем этого города, либо долгое время жил здесь. Отсчёт своей истории город Вологда ведёт с 1147 года. В житии преподобного Герасима повествуется, что именно в этот год «на великий лес на средний посад Воскресения Христова Ленивыя площадки малого торжку» пришёл на Вологду из Киева монах Герасим и основал на Кайсарове ручье Троицкий монастырь. Это наиболее ранняя дата упоминания о городе в письменном источнике. Она и считается датой основания Вологды. Возможно, слово «вологда» происходит от угро-финнского «волок», — «большой лес», среди которого был основан этот город; другие объяснение наименования видят в зырянском «волоква», — «лесная вода» или «ясная вода». Корень имени Вологда может иметь славянское или старо-русское происхождение, возможно от имени какого-либо князя или княгини построивших город или владевших им, так как среди первых Российских князей были Всеволоды, а раньше бывали Рогволды и Рогволгды. В других летописях есть упоминания о древних народах, обитавших около реки Вологды и Кубенского озера, которые до крещения Руси именовались Волоты, потому что почитали за богов Волотов — Великанов от имени которых и произошло название реки и города Вологды. Есть у Вологды и другое название — Насон-город, известное по песням и преданиям. Оно произошло от имён святых апостолов Иасона и Сосипатра в день которых царём Иваном Грозным проведена закладка каменной крепости 28 апреля 1565 года. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вологда, со временем получил фамилию Вологдин.