Фамилия Вологдин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Вологдин образована от прозвища Вологда. Вологдой (а также вологжанином, вологодчанином и вологодцем) называли жителя Вологды, русского города, известного с XIII века. Вероятно, основатель рода Вологдиных был уроженцем этого города, либо долгое время жил здесь. Отсчёт своей истории город Вологда ведёт с 1147 года. В житии преподобного Герасима повествуется, что именно в этот год «на великий лес на средний посад Воскресения Христова Ленивыя площадки малого торжку» пришёл на Вологду из Киева монах Герасим и основал на Кайсарове ручье Троицкий монастырь. Это наиболее ранняя дата упоминания о городе в письменном источнике. Она и считается датой основания Вологды. Возможно, слово «вологда» происходит от угро-финнского «волок», — «большой лес», среди которого был основан этот город; другие объяснение наименования видят в зырянском «волоква», — «лесная вода» или «ясная вода». Корень имени Вологда может иметь славянское или старо-русское происхождение, возможно от имени какого-либо князя или княгини построивших город или владевших им, так как среди первых Российских князей были Всеволоды, а раньше бывали Рогволды и Рогволгды. В других летописях есть упоминания о древних народах, обитавших около реки Вологды и Кубенского озера, которые до крещения Руси именовались Волоты, потому что почитали за богов Волотов — Великанов от имени которых и произошло название реки и города Вологды. Есть у Вологды и другое название — Насон-город, известное по песням и преданиям. Оно произошло от имён святых апостолов Иасона и Сосипатра в день которых царём Иваном Грозным проведена закладка каменной крепости 28 апреля 1565 года. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Вологда, со временем получил фамилию Вологдин. О точном месте и времени возникновения фамилии Вологдин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Вологдин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.