Фамилия Вологдина в своей основе имеет прозвище Вологда. Так, а также словами «вологжанин», «вологодчанин» или «вологодец» в старину называли уроженца или жителя Вологды — города, известного с XIII века. Само название города происходит от мерянского «волгыдо», что означает «белый» или «светлый». Таким образом, фамилия напрямую указывает на географическое происхождение предка.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе «Вологд-» добавлен суффикс «-ин», который в русских фамилиях указывает на принадлежность. Суффикс «-ин» обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на гласный или на мягкий согласный, и означал «чей-то», «сын такого-то». В данном случае Вологдина — это буквально «дочь (или жена) Вологды», а в историческом контексте — потомок человека, носившего прозвище Вологда.

Форма на «-ин» в этой фамилии неслучайна. В северорусских землях, к которым относится и Вологодчина, патронимический суффикс «-ин» был распространён шире, чем в центральных и южных регионах, где чаще встречается «-ов/-ев». Поэтому фамилия Вологдина — не только указание на город, но и возможный маркер исконного бытования именно на Русском Севере.

Интересно, что прозвище Вологда могло закрепиться не только за тем, кто родился в городе, но и за человеком, который долго там жил, торговал или вернулся оттуда. В условиях, когда большинство населения было привязано к своей местности, указание на чужой город в прозвище выделяло человека среди односельчан. Со временем это прозвище перешло в фамилию, которая закрепилась за родом и передавалась по наследству уже без прямой связи с местом жительства.