Фамилия Волженкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин. Это указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище, оканчивающееся на -а или -я: Волженка. Суффикс -ин в таких фамилиях означает принадлежность, то есть Волженкин — это «сын Волженки» или «человек из семьи Волженки».

Само прозвище Волженка, скорее всего, связано с рекой Волгой. В русских говорах существовало слово «волжанин» — житель берегов Волги. Уменьшительная форма «Волженка» могла закрепиться за человеком, который пришёл с Волги, переехал в другую местность, или за тем, кто часто ходил по Волге — бурлаком, рыбаком, купцом. В ономастике такой тип прозвищ называют топонимическим: по месту прежнего жительства. Версия с прозвищем от реки — самая прямая и правдоподобная.

Менее вероятно, но не исключено, что в основе лежит некалендарное имя Волженя, образованное от слова «вологой» — влажный, сырой, или от диалектного «волжь» — влажность, сырость. Такие прозвища давали людям с влажной кожей или тем, кто жил у воды. Однако связь с Волгой выглядит убедительнее из-за прозрачности корня и распространённости подобных фамилий в Поволжье.

Фамилия Волженкин — редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, куда переселенцы с Волги приносили свои прозвища. Сословно предки могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилия не дворянская, суффикс -ин типичен для крестьянской и мещанской среды. Сравните с однокоренными фамилиями: Волженин, Волжанин, Волженский — все они указывают на того же «волжского человека», но Волженкин выделяется уменьшительно-притяжательной формой, подчёркивающей прозвище, а не просто место жительства.