Фамилия Вороткунемян — один из тех редких случаев, когда географическое происхождение и способ образования можно определить почти сразу, а вот исходное значение слова остаётся загадкой. На первый взгляд бросается в глаза необычный суффикс «-ян», типичный для армянских фамилий. В армянском языке этот патронимический суффикс (а также его вариант «-янц») означает принадлежность к роду: Вороткунемян — «из рода Вороткуни» или «потомок Вороткуна». Однако сама основа «Вороткун» не является ни армянским именем, ни распространённым прозвищем.

Здесь и начинается самое интересное. Скорее всего, фамилия сложносоставная и происходит от топонима. В Армении есть река Воротан (приток Аракса) и историческая область Сюник, где эта река протекает. Название реки в древнеармянском звучало как «Воротн». Если к этой основе добавить армянское слово «кун» (сон, покой) или диалектное «куни» (родник, источник), то «Вороткун» может означать «спокойный Воротан» или «родник Воротана». Жителя местности у такого родника или на берегу этой реки и могли прозвать Вороткун (или Вороткуненц), а его потомки стали Вороткунемянами.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — тюркское влияние. В языках народов, соседствовавших с армянами (например, в азербайджанском), слово «ворот» (vurud) может означать «вход, въезд», а «кун» — «день» или «солнце». Тогда прозвище могло относиться к человеку, жившему у «входа Солнца» (восточных ворот села), но эта гипотеза слабая, так как фамилия имеет устойчивый армянский суффикс и нехарактерную для тюркских языков модель образования.

Таким образом, носитель фамилии Вороткунемян почти наверняка имеет армянские корни, связанные с регионом реки Воротан (современная южная Армения и Нагорный Карабах). Предки могли быть жителями конкретного хутора или села, названного в честь особенности рельефа или водного источника. Фамилия крайне редкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родоначальника, переселившегося в другое место и сохранившего прозвище по старому месту жительства.