Фамилия Вощенников — одна из тех, что образованы от прозвища, связанного с ремеслом или товаром. Её основа — слово «вощаник» или «вощенник». В старину так называли мастера, который занимался изготовлением или продажей воска: свечника, бортника, добывавшего воск диких пчёл, либо торговца восковыми изделиями. Воск был ценным товаром — шёл на свечи, церковные нужды, пропитку тканей. Поэтому «вощенник» — человек уважаемой и доходной профессии, не крестьянин-земледелец, а скорее ремесленник или купец.

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Суффикс -ник указывает на лицо по занятию (ср. «сапожник», «охотник»), а затем фамильный суффикс -ов превращает прозвище в фамилию: Вощенников — буквально «сын вощенника». Интересно, что в написании сохранилось двойное «н»: первое от суффикса -ник, второе от фамильного -ов. Встречаются варианты Вощаников (от «вощаник») и Вощенков (с сокращением суффикса), но Вощенников — самая полная форма.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где было развито бортничество и пчеловодство: Вологодская, Костромская, Вятская области. Встречается и на Урале, куда переселенцы принесли ремесло. Социально — это фамилия не дворянская и не крестьянская в чистом виде, а скорее мещанская или купеческая: воском торговали на ярмарках, и потомки таких мастеров часто оставались в городских сословиях.

Споров о происхождении почти нет. Единственная альтернативная версия — связь с топонимом Вощеники (название деревни), но такие деревни обычно получали имя от тех же вощенников, а не наоборот. Так что корень — ремесленный, и предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми, которые знали толк в воске.