Фамилия Вощена — редкий случай, когда окончание -а не указывает на женский род, а входит в основу. Это краткое притяжательное прилагательное, образованное с помощью суффикса -ен- от прозвища или имени Воща. Такая словообразовательная модель (основа + -ен- + окончание) встречается в основном в северных и северо-западных говорах, например, фамилии Кожена, Солена, Рожена. В центральных и южных регионах ту же основу оформили бы суффиксом -ин: Вощин.

Корень «вощ-» прямо отсылает к воску. Прозвище Воща могли дать человеку, связанному с восковым промыслом: бортнику (добытчику дикого меда), свечнику, торговцу воском или ремесленнику, который делал восковые дощечки для письма. В древнерусских документах слово «воща» означало и сам воск, и восковую свечу, и даже «вощанку» — холст, пропитанный воском для непромокаемости. Социальный статус такого человека мог быть разным: от крестьянина-бортника до богатого купца, торговавшего воском с Европой.

Менее вероятная, но лингвистически возможная версия — связь с глаголом «вощить» (натирать воском, наводить лоск). В этом случае прозвище Воща мог получить щеголь или человек, любивший прихорашиваться. Однако для прозвищ, образованных от глаголов, типичнее суффикс -ил- (Вощило), поэтому версия с ремеслом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Вощена тяготеет к Псковской и Новгородской областям, а также к Белорусскому Поозерью. В этих местах суффикс -ен- в фамилиях сохранился как реликт древненовгородского диалекта. Встречается она и в форме Вощеня — с тем же значением, но с другим окончанием.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог — Во́щена, что подтверждает происхождение от прозвища, а не от топонима. Если бы фамилия происходила от названия деревни Вощено (такие есть в Тверской области), ударение сместилось бы на второй слог.