Фамилия Вотина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или имени Вотин. Самая вероятная версия связывает её с географическим названием: в России и на Украине немало деревень и сёл с названиями Вотино, Вотинцы. Жителя такого населённого пункта могли прозвать Вотиным, а его потомки закрепили это прозвище как фамилию.

Есть и другие, менее надёжные гипотезы. По одной из них, в основе лежит диалектное слово «вотты» — шерстяные варежки или рукавицы. Тогда Вотином могли прозвать мастера, который их вязал, или человека, который их постоянно носил. По другой версии, прозвище связывают с украинским словом «вотитви» — так называли предметы, приносимые в древности в храм в дар божеству. Согласно этой гипотезе, Вотином могли назвать жреца. Однако эта версия выглядит натянутой: слишком редкое и книжное слово для бытового прозвища.

С точки зрения словообразования всё просто: суффикс -ин указывает на принадлежность. Первоначально фамилия отвечала на вопрос «чей?» — то есть «сын Вотина» или «человек из семьи Вотина». Таким образом, основатель рода — человек по имени или прозвищу Вотин — передал своё именование потомкам, которые со временем стали писаться как Вотины.