Фамилия Вотинов — типичная русская фамилия, образованная по патронимической модели: от личного прозвища Вотин с помощью стандартного суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — «Вотинов сын»). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Во́тинов.

Происхождение прозвища Вотин неоднозначно, и здесь есть несколько версий. Первая, самая бытовая, отсылает к слову «вотты» — так в некоторых диалектах называли шерстяные варежки или рукавицы. Если это так, то прозвище могло закрепиться за вязальщиком, валяльщиком или просто за человеком, который постоянно носил такие рукавицы. Вторая версия — редкая и книжная: она связывает прозвище с украинским словом «вотитви» (от латинского votivus), то есть предметами, приносимыми в дар божеству. Согласно этой гипотезе, Вотином могли прозвать жреца или служителя культа, но выглядит она натянутой и не имеет надёжных подтверждений в русской ономастике.

Наиболее вероятное объяснение — топонимическое. В России и на Украине есть несколько населённых пунктов с названиями Вотино, Вотинцы, Вотинская. Житель такого места или выходец оттуда легко получал прозвище Вотин — по названию родной деревни. Такая модель образования фамилий очень распространена: достаточно вспомнить Кашина — от Кашин, Ростова — от Ростов. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Вотинов встречается в основном в северных и центральных областях России, где такие топонимы не редкость.

Таким образом, предок носителя фамилии Вотинов мог быть либо ремесленником, связанным с изготовлением варежек, либо, что правдоподобнее, крестьянином или посадским человеком, переселившимся из деревни с названием Вотино. Фамилия не относится к числу аристократических, а закрепилась в крестьянской и мещанской среде, что типично для фамилий на -ов, возникших в XV–XVII веках.