Фамилия Вовковинский — редкий пример, где топонимическое происхождение почти не вызывает споров. Её основа — украинское название села Вовковин, что находится в Малиновском районе Ровенской области. Житель этого села получал прозвище Вовковинский, которое со временем закрепилось как фамилия.

Название самого села происходит от слова «вовковина» — так в украинском языке называют волчью яму, ловчую яму для диких зверей. Это даёт вторую, не менее правдоподобную версию: фамилия могла возникнуть и напрямую от прозвища Вовковина, которое давали охотнику, промышлявшему таким способом. В этом случае фамилия Вовковинский — не по месту жительства, а по роду занятий предка.

Формант -ский указывает на дворянский или шляхетский тип фамилий, распространённый на западнорусских и польско-литовских землях. Однако носителем такой фамилии мог быть и крестьянин или мещанин, переселившийся из села в другое место, — суффикс -ский в украинской и белорусской ономастике со временем утратил строгую сословную привязку.

В современной России фамилия встречается редко, преимущественно на юге и в центральных областях, что косвенно подтверждает миграцию с территории бывшей Волынской губернии.