Фамилия Вовковский — один из тех случаев, где модель образования важнее значения корня. Она построена по типичной польско-украинской модели с суффиксом -овск-/-евск- (-owski/-ewski), который в XVI–XVII веках активно использовался для формирования фамилий шляхты, а затем распространился среди всех сословий на землях Речи Посполитой. Вовковский — это человек из места, которое называлось Вовково или Вовковка, либо потомок того, кто владел таким имением.

Корень «вовк» — это украинское, белорусское и польское (wilk) обозначение волка. В отличие от русских фамилий на -ов (Волков), форма на -ский указывает не на прозвище («сын волка»), а на топонимическое происхождение: «родом из Вовкова». На карте Украины и Беларуси встречаются сёла Вовков, Вовковка, Вовковичи — оттуда и пошла фамилия. В польском варианте она звучала бы как Вильковский (Wilkowski), но украинское произношение «вовк» дало именно Вовковского.

Менее вероятная, но возможная версия — образование от прозвища Вовк (Волк) с добавлением шляхетского суффикса -ский для придания «благородного» звучания. Так иногда поступали казаки или крестьяне при получении фамилий в XIX веке, подражая дворянским образцам. Однако для этого не было массовой необходимости, и топонимическое объяснение выглядит убедительнее.

В Российской империи носители фамилии Вовковский встречались преимущественно в западных губерниях — Волынской, Подольской, Киевской, а также в Царстве Польском. После разделов Речи Посполитой фамилия вошла в общероссийский обиход, но сохранила характерное южнорусское и украинское звучание. Сословно предки могли быть как мелкопоместной шляхтой, так и государственными крестьянами — фамилия не даёт однозначного указания на дворянство, так как к XIX веку суффикс -ский стал массовым.

В современном русском языке фамилия склоняется как прилагательное: Вовковский, Вовковского, Вовковскому. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Вовко́вский, хотя в говорах возможны варианты. Если ваши предки носили эту фамилию, ищите их корни в сёлах с названием Вовково — именно там, вероятно, жил основатель рода.