Фамилия Войкусов — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с военным делом, но с неочевидным суффиксальным оформлением. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать её по частям, и здесь мы сразу наталкиваемся на нестандартную модель.

Корень «Войк-» с большой вероятностью восходит к слову «война» или «воин». Однако напрямую от «воин» образовали бы фамилию Воинов, Войнов или Воинский. Суффикс «-ус» в русских фамилиях — явление редкое и, как правило, заимствованное. Он характерен для полонизированных или латинизированных форм, которые в XVII–XVIII веках бытовали среди украинского и белорусского казачества, а также в среде духовенства. Например, фамилии вроде Войтус (от Войт — сельский староста) или Янус (от Ян) строились по этой модели. Таким образом, Войкусов — это не исконно великорусская фамилия, а скорее западнорусская или малороссийская, где к основе «Войк-» (вероятно, уменьшительной форме от «воин» или «войт») добавили польско-латинский суффикс «-ус», а затем уже «обрусевший» патронимический суффикс «-ов». Получается двойное оформление: сначала фамилия звучала как Войкус, а потом её «русифицировали», добавив окончание, типичное для русских фамилий.

Есть и более прозаичная версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. Войкус могло быть прозвищем от глагола «войкать» — в некоторых говорах так называли человека, который постоянно воет, жалуется или кричит. В этом случае фамилия Войкусов — «сын того, кто войкает», и её семантика не героическая, а бытовая, даже ироничная. Однако учитывая редкость фамилии и её необычный суффиксальный строй, версия с военной основой и польским влиянием выглядит более правдоподобной.

Географически фамилия Войкусов почти не встречается за пределами юго-западных регионов бывшей Российской империи. В современных базах данных единичные носители фиксируются в Беларуси и на Украине, что подтверждает западнорусский след. Сословно предки Войкусовых, скорее всего, были не дворянами (у дворянских родов обычно были фамилии на -ский или -цкий), а казаками или мещанами, которые в XVIII–XIX веках получили фамилию по прозвищу главы семьи. Фамилия не имеет ничего общего с тюркскими или финно-угорскими корнями — её славянское происхождение, хоть и с латинским налётом, прослеживается достаточно чётко.