Фамилия Войтешеня — один из тех случаев, когда форма на -еня сразу указывает на географию и способ образования. Такие фамилии характерны для западнорусских земель, особенно для Беларуси и восточных районов Польши, где суффикс -еня (-эня) активно использовался в патронимической модели. Если в великорусских говорах от имени Войтех чаще образовывали фамилии на -ов (Войтехов) или -ин (Войтехин), то здесь закрепилась уменьшительно-притяжательная форма: Войтешеня — буквально «сын Войтеха» или «человек из рода Войтеха».

Основа фамилии — крестильное имя Войтех (Wojciech), которое пришло на Русь из западнославянской традиции. Имя это составное: от древнепольского woj- (воин) и ciech- (утеха, радость). В целом оно означало «утешитель в бою» или «тот, кто радует воинов». В католической традиции это имя носит святой Адальберт Пражский, известный как Войтех. В православных святцах имя не встречается, поэтому на территории современной Беларуси и Украины оно бытовало в основном среди униатов или католиков.

Суффикс -еня в фамилиях часто указывает на белорусское или украинское происхождение. Сравните: Коваленя, Астапеня, Гриценя. В случае с Войтешеня к основе Войтех- добавился не просто -еня, а расширенный вариант -шеня, что может говорить о более поздней адаптации: исходная форма могла звучать как Войтехеня, но под влиянием произношения или при записи в документах «х» перешло в «ш». Такая замена согласных (чередование х/ш) — естественный процесс в славянских языках.

Сословно фамилия не несёт явных маркеров дворянства или крестьянства. Войтешеня мог быть как крестьянином, так и мещанином — сама модель образования не даёт подсказки. Однако по данным переписей XIX века подобные фамилии на -еня чаще встречались у свободных сельских обывателей и однодворцев западных губерний, чем у крепостных.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Войтехович (более полонизированный вариант) и Войтехов (русский вариант). Войтешеня стоит особняком именно благодаря суффиксу: он редкий даже для белорусского ономастикона. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, основные носители живут в Беларуси и в приграничных областях России (Брянская, Смоленская), а также среди потомков эмигрантов в Польше.