Фамилия Войтикунов — редкий пример, где в основе лежит не имя или профессия, а, скорее всего, диалектное прозвище. Чтобы добраться до сути, разберём её по частям.

Корень «Войтик» — это, вероятнее всего, форма западнорусского или белорусского личного имени Войт, Войтик. Войтом в старину называли выборного сельского старосту или судью (от немецкого Vogt — управляющий). Имя было распространено в землях, входивших в Великое княжество Литовское, а позже — в западных губерниях Российской империи. Крестильное имя Войцех (Адальберт) в народной речи часто сокращалось до Войт, Войтик, поэтому фамилия могла возникнуть и от него. Суффикс «-ун» в прозвищах обычно указывал на деятеля, склонного к какому-то действию: «крикун» (кричит), «бегун» (бегает). Соответственно, Войтикун — это человек, который «войтует», то есть выполняет обязанности войта, или же просто сын войта, которого так дразнили за властность или хлопотливость.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с патронимическим суффиксом «-ов». Войтикунов буквально означает «сын Войтикуна». В документах XVII–XVIII веков такая модель была особенно характерна для крестьян и служилых людей на территории современной Беларуси, Смоленщины и Псковщины. В этих краях фамилии на «-унов» встречаются чаще, чем в центральной России.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-иков» (Войтиков), форма с «-унов» подчёркивает не столько прямую принадлежность отцу (Войтику), сколько прозвищную характеристику самого носителя. То есть первый Войтикунов, скорее всего, был не просто «Войтиков сын», а «тот самый Войтикун» — человек, которого в округе знали как деятельного, возможно, суетливого или строгого, вроде войта. В современных справочниках фамилия встречается редко, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: предки почти наверняка происходят из одного компактного региона на западе исторической России.