Фамилия Враницын — редкий случай, когда суффикс -ын (фонетический вариант -ин) присоединяется не к личному имени или прозвищу, а, скорее всего, к географическому названию. В основе лежит топоним Враница или Враничи. Такие названия встречаются в южнославянских землях, особенно в Сербии, Хорватии и Черногории, где слово «врана» означает «ворона», а «враница» — «воронья» или «воронка» (также может быть название реки или горы). Таким образом, Враницын — это «выходец из Враницы» или «потомок человека из Враницы».

Модель образования проста: корень Враниц- плюс суффикс -ын, указывающий на принадлежность. Обычно -ин/-ын добавляли к основам на -а/-я: Враница → Враницын. Это типично для русских фамилий, но в данном случае нетипично то, что исходное название — не русское, а балканское. Вероятно, предок носителя фамилии переселился на Русь из южнославянских земель, возможно, во время массовых миграций православного населения в XVII–XVIII веках, когда многие сербы и болгары уходили от османского владычества. Фамилия могла закрепиться за священником, купцом или военным, получившим прозвище по месту прежнего жительства.

Суффикс -ын встречается реже, чем -ин, и в основном в северных и центральных областях России, но для фамилий, образованных от топонимов, это обычное дело. В отличие от фамилий на -ский (Враницкий), которые тоже могли бы возникнуть от того же корня, Враницын — более «народный» вариант, без книжного оттенка. Если бы основа была мужским именем (например, Вранец), мы бы получили Вранецов, но здесь явно женский или средний род исходного названия.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается, что подтверждает её редкость. В современной России Враницыны живут в основном в центральных областях, но численность невелика. Спорные версии, связывающие фамилию с глаголом «врать» или словом «враг», лингвистически несостоятельны: они не объясняют суффикс -иц- и ударение. Самая правдоподобная гипотеза — балканский топонимический след, оставленный в русском ономастиконе.