Фамилия Вылко — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем корень слова. Почти все носители этой фамилии в России — русские поморы с побережья Белого моря, в первую очередь из Архангельской области и Ненецкого автономного округа. Поэтому искать её значение нужно не в древнерусских именах, а в северных промыслах и диалекте.

Основа фамилии — глагол «выть» в значении «добывать, промышлять, кормиться». В поморских говорах «вылко» — это не звук, а человек, который постоянно на промысле: рыбак, зверобой, охотник, который «выл» (добывал) пропитание в море или тундре. Суффикс -к- здесь уменьшительно-оценочный, но без пренебрежения: он указывает на деятеля, на того, кто регулярно занимается действием. Сравните: «ходилко» (тот, кто ходит), «носилко» (тот, кто носит). Так «вылко» — «тот, кто промышляет, кормилец».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «вылый» (усталый, изнурённый). Тогда прозвище Вылко могли дать человеку с болезненным или утомлённым видом. Однако для поморской среды, где фамилия закрепилась, промысловая версия убедительнее: прозвище по занятию было естественным и понятным в общине.

Фамилия образована без типичных русских суффиксов -ов/-ев, то есть по модели, характерной для прозвищ, которые сразу стали фамилиями. В документах XIX века встречается как Вылков (с добавлением суффикса принадлежности), но исходная форма Вылко сохранилась именно на Русском Севере, где такие «голые» прозвища-фамилии (типа Шумило, Гуляй) — не редкость.

С точки зрения словообразования, Вылко стоит в ряду однокоренных фамилий: Вылов, Выловкин, Вылков. Но если Вылов прямо указывает на результат действия (вылов рыбы), то Вылко — на постоянное свойство человека, на его роль в хозяйстве. Это фамилия-характеристика, а не фамилия-профессия в чистом виде.