Фамилия Вылкова — это русифицированный вариант болгарской фамилии Вълкова. Её основа — мирское имя Вълк, которое восходит к болгарскому слову «вълк» (волк). Имя Вълк относится к древнему пласту славянских имён-оберегов. Человек, живший по законам природы, воспринимал себя её частью, и, называя сына Вълком, родители верили, что природа примет ребёнка как своего, а к нему перейдут лучшие качества зверя: свободолюбие, твёрдость характера и даже яростность.

В славянской традиции волк считался существом-посредником — между миром людей и нечистой силой, между «этим» и «потусторонним» мирами. Магической силе хищника верили настолько, что носили при себе волчий хвост или клык как амулет. Поэтому имя Вълк могло выполнять охранительную функцию: считалось, что злые духи не тронут того, кто назван волком.

Есть и другая, бытовая версия. Прозвище Вълк могли дать человеку нелюдимому, настороженному, недружелюбному в общении. В таком случае фамилия закрепилась за его потомками по прозвищу, а не по охранительному имени.

Фамилия Вылкова сохранила болгарский корень, но получила русское окончание -ов(-а), типичное для фамилий, образующихся от имён и прозвищ. В Болгарии исходная форма звучала бы как Вълкова, с твёрдым «ъ», который при русификации заменился на «ы». Таким образом, Вылкова — пример того, как фамилия пересекла языковую границу, подстроившись под произношение, но сохранив память о «волчьем» имени предка.