Фамилия Вылков — это, скорее всего, русифицированный вариант болгарской фамилии Вълков. Болгарский язык близок русскому, но в нём сохранился звук «ъ», который при передаче на русскую почву часто заменялся на «ы» или «о». Так «Вълков» превратился в «Вылков», а в других случаях — в «Волков».

В основе фамилии лежит мирское имя Вълк, что по-болгарски и значит «волк». В древности, когда человек жил по законам природы, он не отделял себя от неё. Называя ребёнка Вълком, родители действовали по логике охранительных имён: они словно отдавали младенца под защиту сильного зверя, чтобы тот поделился с ним своей выносливостью и чутьём. Такое имя должно было сделать природу «своей» для человека.

Есть и другая версия: имя Вълк могло стать прозвищем. Так могли называть человека нелюдимого, настороженного, недружелюбного — того, кто вёл себя по-волчьи. В этом случае фамилия закрепилась за его потомками уже как родовое имя, без связи с первоначальным смыслом «оберега».

С точки зрения словообразования здесь всё просто: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Вулка»). Фамилия Вылков — одна из многих славянских фамилий, образованных от названий животных, но её отличает именно болгарское происхождение. В русской среде фамилия Волков встречается гораздо чаще, а Вылков — вариант более редкий, регионально привязанный к южным славянским землям или к переселенцам оттуда.