Фамилия Ямкая — редкий пример русской фамилии в женской грамматической форме. В официальных документах и реестрах она почти всегда закреплена за женщиной, тогда как мужской вариант, скорее всего, выглядит как Ямкой. Такая модель образования характерна для северных и сибирских говоров, где фамилии на -ой/-ая (Ямкой — Ямкая) фиксировали прозвище без добавления суффиксов -ов или -ин.

Основа фамилии — слово «ямка». В русских говорах у него было несколько значений. Самое очевидное — небольшое углубление в земле, яма. Но в диалектах «ямкой» могли называть человека с ямочками на щеках, а также того, кто жил в низине, в «ямке» — так в некоторых регионах называли овраги или ложбины. В переносном смысле прозвище Ямка давали мастеру, который копал ямы (например, для столбов или погребов), или же человеку, который постоянно попадал в неприятности — «сидел в яме», то есть в долговой тюрьме или в беде.

Фамилия не имеет отношения к ямщикам или почтовым станциям (ям). Там корень другой — тюркское «ям» (почтовая станция), и фамилии от него образуются иначе: Ямщиков, Ямской. Ямкая — это чисто русское прозвище от бытового слова «ямка».

Географически фамилия встречается точечно, в основном в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале — в тех местах, где сохранялись старые прозвищные фамилии без патронимических суффиксов. Встретить Ямкую в центральных областях России маловероятно — там форма быстро превратилась бы в Ямкину или Ямкову.

Социально носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей, получивших прозвище по месту жительства (жил в низине, у оврага) или по характерной внешности. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в боярских списках она не встречается.