Фамилия Ямкова — женская форма мужской фамилии Ямков, и её происхождение стоит искать не в географическом названии «яма», как может показаться на первый взгляд, а в русском прозвище Ямок. В древнерусском языке слово «ямок» означало не только маленькую яму, но и человека, который занимался ямской гоньбой — перевозкой почты и грузов на государственной службе. Ямщики были важной частью дорожной инфраструктуры России, и их прозвища легко переходили в фамилии.

Модель образования здесь прозрачна: основа «Ямк-» (от «ямок») плюс суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность: Ямков — «сын Ямка». Суффикс -ов типичен для центральных и северных регионов России, поэтому фамилия Ямкова скорее всего закрепилась в тех местах, где ямская служба была особенно развита — на Владимирщине, в Тверской или Новгородской губерниях. В этих краях прозвище Ямок могло получить не только ямщик, но и человек, живший возле почтовой станции (яма) или работавший при ней.

Встречается и другая версия: фамилия могла образоваться от мирского имени Ямка, которое давали ребёнку, родившемуся в ямской слободе или просто в низком месте. Но это объяснение менее вероятно — ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») связывают такие фамилии именно с профессиональной ямской службой, а не с рельефом местности. В любом случае, предки носительницы фамилии Ямкова были людьми, имевшими прямое отношение к дорогам и перевозкам — либо как государственные извозчики, либо как жители ямских слобод.